VetBact

Inledning

Med bakteriers taxonomi menar man namn­givning och klassifi­ce­ring i olika hierarkiska grupper med ökad om­fattning. D.v.s. ett släkte kan bestå av flera olika arter, en familj kan bestå av flera olika släkten o.s.v. Man kan oftast känna igen rangen på dess ändelse, d.v.s. slutar ordet på t.ex. -ales, vet man att det är ordningen, som avses. Detta har dock inte blivit konsekvent infört för alla bakterie­arter. Med bakteriers fylo­geni menar man deras naturliga släktskap, d.v.s. deras evolutions­historia.

Taxonomisk indelning

Alla levande organismer brukar delas in i tre domäner: Eukaryoter (Eukarya), bakterier (Bacteria) och arkéer (Archaea). Det finns även andra sätt att dela in organismer, som t.ex. i sju olika riken: Bakterier (Bacteria), arkéer (Archaea), protozoer (Protozoa), kromister (Chromista), växter (Plantae), svampar (Fungi) och djur (Animalia). Vissa bakteriegrupper delas också in i underfamiljer, underordningar och/eller underklasser. Idag har de flesta forskarna (åtminstone bakteriologer) accepterat indelningen av organismer i tre olika domäner och det var Carl Woese (den molekylära fylogenins fader), som införde detta system år 1990 (se ref. 1 nedan). Nu strävar man efter att bakeriernas taxonomi ska återspegla dears evolutionära historia (fylogeni) och allt eftersom man får ökad kunskap om bakterier och deras fylogeni kommer deras taxonomi att revideras.

Fylogeni

Med bakteriers fylo­geni menar man alltså deras naturliga släktskap, d.v.s. deras evolutionära ­historia. När man började dela in bakterier i olika taxonomiska kategorier, så var indelningen baserad  på ett fåtal egenskaper (t.ex. gramfärgning, biokemiska tester, sporbildningsförmåga, patogenicitet m.m. m.m.). Ju fler egenskaper, som utnyttjade, desto bättre återspeglade indelningen bakteriernas fylogeni. Dessa egenskaper utgjorde dock endast trubbiga verktyg för att studera bakteriers fylogeni. Det verkliga genombrottet kom när man började utnyttja DNA-sekvensdata för att studera bakteriers släktskap. Det var länge standard att basera fylogenetiska träd på sekvensdata från 16S rRNA-gener. Idag har det dock blivit så billigt att göra helgenomsekvenseringar av bakterier, så att man istället basera sina fylogenetiska träd på sekvensdata från stora delar av genomet. Då har man tillgång till upp till 10 000 gånger mer data jämfört med sekvensdata från enbart 16S rRNA-genen, eftersom varje nukleotidposition kan betraktas som en unik och väldefinierad karaktär.

Fylogenetiska träd

Fylogenetiska träd (eller släktskapsträd), baserade på sekvensdata, beräknas med hjälp av speciella datorprogram, som kan hantera stora mängder data. I den typ av fylogenetiska träd, som visas på VetBact, är de horisontella avstånden proportionella mot sekvenskillnaderna i de jämförda generna. Alltså blir avstånden mellan två organismer kortare,  ju närmare de är släkt med varandra.

Fylum (pl. fyla)

Reglerna för namngivning av bakterier [International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP)] har tidigare inte omfattat den taxonomiska kategorin (rangen) fylum, men nyligen (februari 2021) har medlemmarna av International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP) beslutat att så ska ske i fortsättningen. Man har bestämt att alla namn på fyla ska skrivas med kursiv stil (vilket har gjorts på VetBact även tidigare) och ha ändelse -ota. Dessutom ska fylumnamnet vara baserat på ett genus, som ska utgöra nomenklaturtypen (se ref. 2 nedan).

Man brukar säga att bakteriernas fyla utgör deras huvudutvecklingslinjer och nu finns det över 40 beskrivna fyla.  Elva av dessa fyla, finns representerade i VetBact. Det största fylumet är Pseudomonadota (tidigare Proteobacteria) och det är också det fylum, som innehåller flest patogena bakterier. I VetBact finns för närvarande 92 bakteriearter, som tillhör fylumet Pseudomonadota. 

Referenser

1. Woese CR, Kandler O & Wheelis ML. (1990). Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. PNAS 87(12):4576–4579.

2. Oren A, & Garrity GM (2021). Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 71(10):005056.

Uppdaterad: 2023-04-17.